(no subject)

[latentbird]

Мы используем в своей работе одну идею, которая красива (на мой вкус, разумеется), но настолько неочевидна с первого взгляда, что мне приходится объяснять ее себе каждый раз, когда она приходит мне в голову.

А именно: если есть некий механизм, срабатывающий на наличие определенного периодического сигнала, пусть неполного, то и в случайной последовательности он обязательно сработает, даже если там нет видимой периодичности, потому что это механизм сигнал там все равно найдет.


Мы занимаемся картированием нуклеосом,(nucleosomes то есть не совсем картированием, но поисками сигнала, который скажет гистонам (histones), куда им, собственное, садиться. Так вот, известно, что нуклеосомы образуются даже на абсолютно случайной последовательности. Известно также, что нуклеосомный сигнал очень слаб. То ли это периодичность АА/ТТ с периодом витка ДНК вокруг нуклеосомного ядра, то ли это более общий паттерн (точнее, его части). В любом случае сигнал вырожден. А это значит, что гистоны узнают даже его малую часть, то есть сочетание двух-трех нуклеотидов и через некий промежуток еще двух-трех. При четырехбуквенном алфавите ДНК даже в случайной последовательности встретятся участки, удовлетворяющие этому паттерну. То есть сигнал не видно, но он там есть...


Это я к тому, что журнал нам снова статью на доработку вернул

Comments

[bezea.livejournal.com]

Прочитала! Честно пыталась понять :-)))

[latentbird.livejournal.com]

Ну представь себе, что у тебя есть типа расческа, у которой зубчики выкрашены определенным образм в четыре цвета. Ты проводишь расческой по полосатой ленточке так, что на полоску приходится один зубчик расчески, и тебя бьет током каждый раз, когда цвет полоски и цвет зубчика совпадает для 4 зубчиков из 10. Можно ленточку раскрасить в эти четыре цвета так, что током будет бить часто и в определенных местах, но если ее раскрасить совершенно случайным образом, то все равно найдутся такие участки, гда стукнет током.

[bezea.livejournal.com]

Классно об'яснила :-) Все понял!

[latentbird.livejournal.com]

Дык, как про удар током, так сразу все понятно :) Я дочке задачи в конфеты перевожу - решаются гораздо быстрее :)

[bezea.livejournal.com]

Я тоже :-))))

А сыну проценты об'ясняла на ден'гах

[latentbird.livejournal.com]

Это называется индивидуальный подход :)

[tseytlin.livejournal.com]

Точно!
Я проделал такой же опыт пару месяцев назад (http://tseytlin.livejournal.com/139169.html).
При наличии достаточно большой выборки трeбуемый паттерн обязательно выпадет.

[latentbird.livejournal.com]

Ну, где-то так:)

[darvinistka.livejournal.com]

Обалдеть.
Это же как у компьютера двоичные системы кодирования - только здесь четверичные(?), да?

Вернули на доработку - это значит у вас прибавится работы? тогда жаль... весна!..

[latentbird.livejournal.com]

Ну да, причем есть коды, когда четырехбуквенный алфавит редуцируется до двухбуквенного

[(Anonymous)]

Красивая идея.
Разве что, слова "обязательно сработает" заменил бы на что-то менее жесткое. На то это и случайная последовательность, что в не может быть все что угодно, но может и НЕ быть того же.
Ключевым является "сигнал не видно, но он там есть", что говорит о том, что не смотря на КАЖУЩУЮСЯ "случайность", в данной последовательности есть СКРЫТАЯ периодичность. Я правильно понял?

Опять забыл свой ник и пароль.

[latentbird.livejournal.com]

Разумеется, она там есть, просто требования к сигналу очень мягкие - посмотри в комментариях выше пример с расческой. - Представь себе последовательность только - есть там сигнал с периодом 3? Есть. А если ты попытаешься его вычленить любым способом частотного анализа, то ничего не получишь.